流程
1、本會主要受理有關商標法、專利法、著作權法、公司法、商業登記法、商品檢驗法、水利法、土石採取法、工廠管理輔導法、石油管理法、電子遊戲場業管理條例等法規之訴願案件，並依訴願法、行政院及各級行政機關訴願審議委員會審議規則等所規定之審理流程為審查。
2、受理訴願案件，係由承辦人員先進行程序審查，程序有瑕疵者，即先行通知當事人補正，當事人不補正或不能補正者，案件即簽請3位委員審查（審議規則第11條），再提交訴願審議委員會審議。
3、前揭訴願案件倘經初步審查無程序不合法之情事或經補正者，即函請原處分機關依訴願法第58條第2項及第3項規定，自我省查原處分是否合法妥當，再依其自省結果，陳報本會已自行撤銷或變更原行政處分，或針對訴願理由詳實答辯，並將答辯書及相關卷證檢送本會審理。
4、訴願案件經原處分機關依法答辯後，即由本會承辦人員就原處分書、訴願書及原處分機關所檢送之書面及證據資料，詳加審查，研擬處理意見，簽具提案稿，提請本會3位委員（商標案及其他案為3位法律委員；專利案為包括1位法律委員及2位具專業技術背景之委員）審查後，提交訴願審議委員會議審議。依訴願法第53條規定，訴願決定應以委員過半數之出席，出席委員過半數同意行之，依審議之結果製作訴願決定書發交訴願人等。
5、訴願人等倘對本部所作之訴願決定不服，仍可依法向行政法院（如高等行政法院、智慧財產法院、各地方法院行政訴訟庭）提起行政訴訟，以資救濟。
說明
1、專利案件經委員審查認原處分有疑義者，或其技術內容較為複雜，本會將依委員之意見先送請其他技術單位（如工業技術研究院、國立台灣大學等相關專業技術單位）協助審查，提供參考意見後，再提交原審查委員核閱後，送訴願審議委員會議審議，並依審議結果製作訴願決定書發交訴願人等。
2、商標及專利爭議訴願案件，除原處分機關及訴願人外，因多數案件另涉及第三人（如商標權人或異議人、評定或廢止申請人；專利權人或舉發人），倘因訴願決定之結果有影響該第三人權益之虞者，並須於作成訴願決定前，依訴願法第28條第2項規定通知其參加訴願程序及表示意見。
案件審理流程簡圖
