有關媒體報導水面型光電可能影響水庫水質一事，經濟部指出，我國太陽能板遵循國際標準(IEC)驗證項目，並不會溶解或滲出液體，過去也有設置於阿公店水庫、埤塘等水面型光電經驗，並進行長期水質監測，科學數據可證明水面型光電不影響水質。太陽能板既不會溶出液體，清洗時也是以清水進行，同時年限到時也有回收機制。某教授稱光電板是將鉛粉塗在多晶矽上，國內也無此製程。

經濟部說明，水面型光電並非新作法，事實上因為光電板覆蓋於水體上，可以減少水分蒸發與減緩藻類的生長，對水質沒有影響。像是日本、韓國、英國等國家皆有水面型太陽光電的設置經驗，國外也無污染水質的案例。國內也有業者進行太陽能模組破損是否滲漏有毒之實驗。透過將破損之太陽能模組浸泡於水中7日後，再委託官方認可的第三方公正單位進行取樣，檢測常見有害重金屬及揮發性有機化合物，檢測結果依然符合環保署飲用水標準。

經濟部表示，阿公店水庫從2017年設置水面型光電後，就進行長期水質監測，監測數據皆符合標準，農田水利署也在設置光電的埤塘進行監測，檢測結果均符合農委會公告之灌溉用水水質標準。都代表水面型光電系統運作期間，不會汙染跟影響水質。

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