本部運用「科技研究發展專案計畫（簡稱科技專案）」，整合法人研究機構、產業界、學術界之研發能量與軟實力，促成國家創新系統成員間的科技創新連結，開發具前瞻性、關鍵性及跨領域之產業技術，並將研發成果落實應用於產業界，創造技術研發價值以及對產業創新之效益。

一、法人科技專案
補助轄下七大法人等二十多個研究機構發展前瞻關鍵的產業技術、建構產業創新走廊，完善研發環境與基礎設施，促進跨界跨域合作，強化研發成果落實至產業界運用。

二、企業創新研發專案
補助企業投入創新前瞻技術研發，從事創新研發到價值創造之活動，鏈結跨國企業研發體系，完備我國產業生態發展，提升國際市場競爭力。

三、學界科技專案
補助學界促成、培育具前瞻技術之新創事業，並將具潛力研發成果轉化為市場商機，推動衍生新創事業打造新興科技產業聚落。